Selain karya dan pengabdian Habibie, kisah cintanya pun mendapatkan tempat spesial di hati masyarakat. Pasalnya, Habibie dan Ainun menjadi bukti perihal cinta sejati. Memutuskan menikah pada 12 Mei 1962, kini keduanya kembali bersatu di keabadian.
Diketahui, Habibie dimakamkan Kamis, 12 September 2019 di Taman Makam Pahlawan (TMP), Kalibata, Jakarta Selatan, tepat di samping makam almarhumah Ainun. Upacara pemakaman tersebut dipimpin langsung oleh Presiden terpilih, Joko Widodo.